Pendant le haut Moyen Âge, un groupe de hameaux occupe l’actuel territoire de SAINTE-HÉLÈNE-SUR-MER sous la juridiction de la paroisse de LOCOAL.
Au fil des siècles, une commune indépendante va naître : son territoire va être détaché d’abord de LOCOAL (de l’autre coté de la ria), puis de PLOUHINEC.
En 1790, la commune est créée avec la réorganisation juridique des territoires voulue par le pouvoir révolutionnaire. La paroisse est créée à son tour en 1805.
En 1817, le Pape Clément XI offre à la chapelle de la paroisse les reliques de Sainte-Hélène et de Saint-Étienne. La chapelle devient un lieu de pèlerinage.
Par ordonnance du Roi en 1841, les villages de Kerfrezec, Magouerec, Kergourio, Lizourden, Kerandrun, Kergoff et leurs territoires, sont distraits de la commune de PLOUHINEC et rattachés à la commune de SAINTE-HÉLÈNE-SUR-MER.

Durant la Seconde Guerre mondiale, la commune incluse dans la poche de LORIENT a beaucoup souffert des combats. Ravagée successivement par l’occupation allemande puis à nouveau en 1944 lors de la Libération, ses habitations et son église sont détruites.