Aubiet fut occupé dès l’époque gallo-romaine (Ier au IVème siècles). De cette période ont été découverts :
la villa de la Toulette, sur la voie romaine de Tolosa à Augusta Auscorum (Auch)
le « togatus », buste sans tête, en marbre, sis près du Cimetière.

Dès 1158, l’existence d’un bourg « Castellum Albineti » est attestée ainsi qu’une mesure de surface : la concade d’Aubiet, utilisée dans toute la région.

Aubiet tirerait son nom « d’albinellum » : lieu couvert de végétaux à feuilles ou fleurs blanches (aubépines ou saules).
Dernière cité castrale de l’Armagnac, tandis que la bastide de Gimont dépend des Comtes de Toulouse, elle est dotée d’une charte communale datée de 1288. Étape sur le chemin de Saint-Jacques, elle dispose d’un « hôpital » où les pèlerins trouvent gîte, couvert et soins.

Pendant les Guerres de Religion (XVIe), Aubiet souffre beaucoup de la proximité des huguenots de Mauvezin qui détruisent l’église paroissiale de Saint Martin (sur l’emplacement de l’actuel monument aux morts) et pillent le bourg. Au XVIIe, Aubiet et les possessions du Comte d’Armagnac sont rattachées définitivement à la couronne de France.

Le château féodal qui se dressait sur l’emplacement du Foyer Rural, disparaît à la Révolution de 1789.
A la chute de Louis-Philippe (1848), un avocat aubiétain, François Alem-Rousseau, a participé à l’avènement de la IIe République et s’est opposé au coup d’état de Napoléon III (1851).