La découverte d'outillages (pierres taillées) du Paléolithique sur le tuc de Bénarruc prouve l'ancienneté de la présence humaine sur le village.

Il y a des sources salées sur la commune.

Pouillon est un ancien vicus* gallo romain dressé en camp retranché. Le village fut bâti sur la voie romaine reliant Bordeaux à Pampelune. L'occupation romaine dura cinq siècles. 

Pouillon possède aussi un mégalithe (Pierre de Montpeyroux) à l'extrème Nord de la commune

* Un vicus avait souvent pour origine un village gaulois d'avant la conquête